стан атмосфери
В межах міської межі числиться 2240 підприємств, організацій, установ. Всі ці підприємства мають промислові чи побутові відходи; 382 підприємства - здійснюють викиди забруднюючих речовин в атмосферне повітря, в тому числі що мають стаціонарні джерела викидів - 67. Організаційні скиди стоків у водойми мають 4 підприємства, на рельєф місцевості в межах міста - 2. В місті є 11 потенційно-небезпечних об'єктів, в тому числі 8 об'єктів, що використовують в процесі виробництва ахова (аварійно-хімічно небезпечних речовин): ТНХК, Гормолзавод, рибзавод, Жуковський і Соколовський водозабори, біологічні очисні споруди, залізнична станція «Тобольськ», ТНХК «Хладо продукт ». Сумарна кількість АХОВ на об'єктах в середньому 260 т.
стан гідросфери
Як і раніше гостра проблема забезпечення мешканців регіону якісною питною водою. Як свідчать дані Центру державного санітарно-епідеміологічного нагляду, показники якості питного водопостачання у Тюменській області виглядають значно гірше, ніж по Укаїни і чим в сусідніх регіонах.
Г. Тобольськ і Тобольський район знаходяться в найважчому становищі із забезпеченням питною водою. У ряді невеликих сіл воду для пиття привозять здалеку, так як старі водозабори вийшли з ладу, а коштів на їх відновлення у бюджетних муніципальних утворень немає. Ситуація погіршується у зв'язку з передачею в муніципальну власність старих сільськогосподарських водопроводів, які раніше вважалися на балансі колгоспів і радгоспів. Не краще йдуть справи там, де користуються водою з громадських колодязів і свердловин. Як показали проведені дослідження, більше третини проб, узятих з цих джерел водопостачання, не відповідають гігієнічним нормативам. Постійні і тимчасові зимові дороги часто порушують водотоки, де проходять шляхи міграції і знаходяться місця зимівлі риб.
Річка Іртиш має судноплавний шлях значення і відрізняється порівняно високою рибної продуктивністю і дорогим складом іхтіофауни. Значні запаси сигових і частикових риб: сибірського осетра, стерляді, нельми, Щекурья, муксуна і ін. Рівень забруднення води в річці Іртиш в межах міста - високий через постійне скидання неочищених промислових і госп-фекальних стоків на території Казахстану та періодичних аварійних скидів з очисних р Маріуполі.
Для постачання населення міста у випадках «екстремально-високого» і «високого» рівнів забруднення води в р. Іртиш планується відновлення Соколовського водозабору.
Водний фактор має велике значення в поширенні інфекційних, паразитарних захворювань. Якість питної води позначається на функціонуванні ендокринної, кістково-м'язової, сечостатевої систем, органів травлення, шкіри, підшкірної клітковини. За останні 15 років фахівці обласного центру санепіднагляду відзначають зростання інфекційних і паразитарних захворювань в 1,6 рази, хвороб ендокринної системи - в 3,7 рази, кістково-м'язової - в 2,1 рази, хвороб органів травлення - в 3 рази, сечостатевої системи - в 2,3 рази, вроджених аномалій - в 3,1 рази, хвороб шкіри та підшкірної клітковини - на 10 відсотків.
Раціональне використання водних ресурсів річок Іртиш і Тобол і своєчасне прийняття обґрунтованих управлінських рішень з даного питання багато в чому залежить від своєчасного отримання органами виконавчої влади, органами управління використанням і охороною водних ресурсів і іншим службам необхідної інформації про кількісні та якісні характеристики стоку річок, метеорологічних характеристиках, рівні антропогенного забруднення та ін.