За сферою діяльності, яка підлягає контролю, контроль поділяють на відомчий,

Відомчий контроль здійснюють міністерства і відомства всередині відповідної структури (тому його ще називають внутрівідомчим або просто внутрішнім контролем) .Такий контроль тісно пов'язаний із завданнями, що стоять перед міністерствами і відомствами. Загальні питання його організації та проведення регулює Порядок здійснення міністерствами, іншими центральними органами виконавчої влади внутрішнього фінансового контролю. Відповідно до цього акта в міністерствах, інших центральних органах виконавчої влади створюються і функціонують самостійні внутрішньовідомчі контролюючі структури - контрольно-ревізійні підрозділи, завданням яких є перевірка фінансово-господарської діяльності підпорядкованих їм державних (казенних) підприємств, установ і організацій. Порядок організації та проведення ревізій і перевірок фінансово-господарської діяльності підприємств, установ і організацій визначається інструкціями, які стверджують керівники міністерств, інших центральних органів виконавчої влади за погодженням з Головним контрольно-ревізійним управлінням України.

Здійснюючи керівництво відповідними сферами управління, міністерства та інші центральні органи виконавчої влади в межах своєї компетенції видають акти, організують і контролюють їх виконання. Повноваження цих органів, в тому числі і контрольні, закріплені в законах, положеннях про відповідні міністерства і відомства, управління (відділи) місцевих органів державної виконавчої влади, статутах державних підприємств, установ і організацій. У міністерствах і відомствах для здійснення контрольних функцій утворюють відомчі інспекції, групи. Контрольні повноваження покладаються також на юридичні служби і юрисконсультів.

Сутність міжвідомчого контролю полягає в тому, що його здійснює орган міжгалузевої компетенції за виконанням загальнообов'язкових правил, що діють у відповідній сфері.

Першою особливістю міжвідомчого контролю є те, що він виключає підпорядкованість, тобто здійснюється органом іншої відомчої належності. Друга особливість такого контролю полягає в тому, що коло питань, який має право перевіряти орган міжвідомчого контролю, є вузьким, спеціальним, тобто прив'язане до завдань, які стоять перед цим органом. Наприклад, Державний комітет статистики України контролює тільки порядок організації та ведення статистичної звітності міністерствами, державними комітетами та іншими відомствами. Міністерство фінансів України за допомогою Глава КРУ здійснює контроль за використанням коштів, матеріальних цінностей, їх збереженням, контролює стан і достовірність бухгалтерської звітності. Вони не втручаються в інші функціональні повноваження підконтрольного органу.

До міжвідомчого контролю слід віднести і контроль з боку різних спеціалізованих державних інспекцій, служб, комісій, комітетів, управлінь і т.п. які структурно входять до складу відповідних міністерств чи відомств. Це пожежна, санітарна, автомобільна та інші інспекції, підрозділи Державного комітету стандартизації, метрології та сертифікації, митної служби, управлінь цивільної авіації та ін. Відповідно до наданих їм повноважень вони здійснюють контроль за дотриманням загальнообов'язкових правил в різних сферах діяльності - промисловості, сільському господарстві, транспорті , охорони природи тощо.

Контроль здійснюють у формі перевірок (обстеження і вивчення окремих напрямків фінансово-господарської діяльності, за результатами якої складають довідку або доповідну записку), ревізій (документальний контроль фінансово-господарської діяльності, за результатами якої складається акт), витребування звітів тощо.