етапи транскрипції

Розрізняють три етапи транскрипції: ініціацію, елонгацію і терминацию.

У еукаріот більш детально вивчені промотори, які взаємодіють з РНК-полімераза II. Вони містять три гомологічних ділянки в районах з координатами -25, -27, а також у стартовій точці. Стартовим підставою служить аденін, фланковані по обидва боки піримідину. На відстані 19-27 пар основ вліво від цієї ділянки розташовані 7 пар основ Тата (або Т) АА (або Т), відомих як послідовність ТАТА, або "ящик Хогнесса". Часто він оточений ділянками, багатими ГЦ-парами. Послідовність ТАТА нагадує "ящик Прібнова" у прокаріотів, але розташована в середньому на 15 п.н. лівіше стартової точки. Ще лівіше в положенні від -70 до -80 знаходиться послідовність ГТЦ (або Т) ЦААТЦТ, звана також "ящик ЦААТ". Передбачається, що послідовність ТАТА контролює вибір стартового нуклеотиду, а ЦААТ - первинне зв'язування РНК-полімерази з ДНК-матрицею.

Транскрипція завершується в специфічному ділянці ДНК, що містить терминирующего послідовність. У клітинах E.coli виявлено особливий білок (ро-фактор), що підвищує точність термінації. Білок приєднується до 5 /-кінців зростаючої іРНК і просувається по ній, поступово наближаючись до ДНК і як би переслідуючи РНК-полімерази. У момент, коли РНК-полімераза зупиняється в сайті-термінаторі, фермент захоплюється ро-фактором і скидається з ДНК. Термінатор містить особливу послідовність підстав, прочитується однаково в обох ланцюгах ДНК, але в протилежних напрямках.

Такі симетричні структури, звані паліндромами. зустрічаються в різних ділянках ДНК і грають важливу регуляторну роль. Паліндроми є райони подвійний симетрії, оскільки вісь симетрії проходить у них таким чином, що з кожної її сторони знаходиться одна і та ж послідовність, але з протилежного орієнтацією. Такі послідовності називають інвертованими повторами. Повтори в ДНК або РНК на невеликій ділянці змінюють їх вторинну структуру, надаючи їй форму хреста або шпильки. Вони розпізнаються різними ферментами в якості регуляторних сигнальних елементів. Так, РНК-полімераза зупиняється на ДНК, як тільки синтезируемая нею іРНК утворює структуру шпильки, що вказує на те, що в даній ділянці ДНК знаходиться паліндром.